在寺院建成初期,寺中分別有印度佛教(以靜命大師為首)及漢傳佛教法師住錫弘教。至後來,二方之見解產生了極大分歧,藏王遂命雙方各派代表辯經
以決正見,最後由印度佛教代表勝出了而成為藏王推許認同的派別主流。這場在歷史上具決定性作用的佛法辯論,正是在桑耶寺的西旁殿中(漢地禪師住錫之處)舉行的。
桑耶寺由蓮華生大師興建,故此一直受著寧瑪派的影響。但在後期,寺院亦曾分別由薩迦派及格律派掌管。故此,桑耶寺最後成為了各派同時共存的一個道場。
在桑耶寺中,除了其獨特建 外,也有不少古跡及聖物值得朝禮及參觀:西殿中可以看到當年漢地禪師與印度法師辯論時所坐之法座﹔在宗座寓房內,有一個玻璃柜,里面供奉著蓮華生大師足印、蓮華生大師之遺發七根、靜命大師之頭蓋骨及龍樹大師出家時戒壇上的其中一尊釋迦牟尼佛像。在寺院附近,可以參禮赤松德真首遇蓮華生大師之地(藏王在此地為大師之神通折服而下跪頂禮,後於此處建立五座佛塔紀念此事)。
由寺院向北步行約五小時,可抵達一個游人鮮到的聖地。在這里,香客可以朝禮蓮華生大師及毗盧遮那大師閉關的山洞、蓮師當年傳無上密法予二十四弟子之地及為其八大弟子說法之聖地。這里有無數山洞,歷代以來是無數僧俗乃至很多位高僧閉關精修的地方。在近年,
隨著內地宗教政策之開放,漸漸地又開始有人在這些洞中靜修閉關,甚至有來自西方的洋佛教徒遠道來此,作長達一年之閉關修持。
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